Em 1989, o Marillion encontrou Steve Hogarth para assumir o posto de vocalista. Ao chegar, a banda já havia gravado algumas demos para o seu novo álbum, Seasons End, mas Hogarth teve que reescrever as letras para as músicas, pois Fish havia levado as composições para sua carreira solo. Há um contraste entre os dois vocalistas, já que Fish vem de um passado de rock progressivo e Hogarth tem influências da New Wave.
Durante a tour desse álbum, o Marillion veio pela primeira vez ao Brasil, no festival Hollywood Rock, em 1990. O show foi extremamente elogiado, com grande destaque para Hogarth, que durante a apresentação, subiu na estrutura lateral do palco e de lá cantou Incommunicado, impressionando a todos. Assista no vídeo abaixo em 1:31:10.
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Somente no álbum Holidays In Eden, de 1991, que Hogarth começou a participiar da composição. Esse álbum tornou-se o mais pop da banda e o que agradou a alguns, mas desagradou boa parte dos antigos fãs. Durante o restante da década de 1990, a banda iniciou uma parceria com Dave Meegan como produtor de parte dos lançamentos. O trabalho de Meegan já era conhecido pela banda desde o CD Fugazi, quando ele atuou como engenheiro assistente. Nessa mesma década, o contrato com a gravadora EMI terminou com seus últimos álbuns lançados por ela recebendo pouca ajuda de divulgação e, consequentemente, não obtendo um grande retorno em vendas. Apesar disso, Afraid of Sunlight foi aclamado pela crítica, entrando em listas dos melhores lançamentos de 1995.
Os próximos álbuns foram lançados por diversas gravadoras diferentes. Em 1999, a banda lançou marillion.com que foi auto-produzido junto com Steven Wilson do Porcupine Tree. O título do álbum reflete a atitude do Marillion em usar a internet para se aproximar de seus fãs, algo que foi de grande ajuda para a divulgação do CD seguinte, Anoraknophobia. Este foi financiado pelos fãs, com a banda vendendo o CD a eles antes mesmo de ser produzido. Cerca de 12.500 fãs participaram da ação. Com Marbles, o grupo repetiu a estratégia e conseguiu vender 18.000 cópias em pré-venda. Essa atitude foi adotada em outros lançamentos.
Durante os anos 2000, o Marillion fechou novo contrato com a EMI para a distribuição de seus álbuns. Em 2008, antes do lançamento de Happiness Is The Road, a banda fez um pré-lançamento do disco, lançando-o digitalmente por meio de redes P2P e divulgando um vídeo explicando o porquê desse formato, oferecendo alternativas para que os usuários comprassem o álbum ou recebessem uma cópia sem proteção.
O mais recente lançamento, Sounds That Can’t Be Made, com o qual a banda retorna ao Brasil pela terceira vez após 15 anos, teve parte das músicas gravadas no estúdio de Peter Gabriel, o Real World Studios, famoso por ter sido usado por diversos artistas dos mais variados estilos musicais. O álbum apresenta também um ativismo político com a faixa de abertura de 17 minutos chamada Gaza. O Marillion apoia a Hoping Foundation, uma ONG que ajuda crianças e adolescentes palestinos refugiados nos campos de guerra.
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